A los problemas estructurales se suma una preocupante contaminación biológica: el 80% de las estructuras líticas de la maravilla mundial está afectado por líquenes que degradan la superficie de las rocas. Pese a que se realizan labores de mantenimiento desde 2014, solo se ha logrado controlar esta amenaza en un 20% de las construcciones. La Contraloría advirtió que la alta afluencia turística, que alcanzó más de 1.3 millones de visitantes entre enero y octubre de 2025, incrementa la presión sobre el patrimonio y podría acelerar la pulverización de las piedras si no se aplica un plan integral.
Ante este escenario, el Ministerio de Cultura y la Dirección Desconcentrada de Cultura del Cusco evalúan un proyecto de inversión para una intervención arqueológica, el cual contará con el acompañamiento preventivo de la Contraloría. El operativo multisectorial también detectó problemas similares de contaminación biológica en la fortaleza de Sacsayhuamán. Estas acciones forman parte de una supervisión regional más amplia en Cusco, donde más de 70 auditores fiscalizaron diversas obras y servicios públicos para garantizar su adecuada gestión y preservación.
